A nova entidade foi reconhecida como associação sindical de 2° grau pelo então Ministério dos Negócios do Trabalho, Indústria e Comércio, no dia 28 de março de 1949 e a primeira reunião da diretoria aconteceu no dia 5 de abril de 1949, na rua Duque de Caxias, 158, na Ribeira, que seria a primeira sede provisória de 1949 a 1951. Nessa reunião extraordinária foi comunicada à diretoria que a filiação à Confederação Nacional do Comércio, que já havia ocorrido no mesmo 28 de março de 1949, em que o Ministério do Trabalho reconhecera sua existência como entidade sindical patronal.
Foram sócios fundadores da Fecomercio RN os comerciantes Militão Chaves, Jessé Pinto Freire, Antônio Fernandes Filho, Vedasto José da Silva, Raimundo Chaves, Luiz Curcio Marinho, Pedro Pereira da Costa, Humberto Gomes Teixeira, Agnaldo Ferreira da Silva, Adauto José de Carvalho, Hermes Xavier de Almeida, Juvenal Justiniano de Faria e Luiz de Barros.
A primeira diretoria da entidade ficou assim constituída: Militão Chaves (presidente); Jessé Pinto Freire (vice-presidente); Antônio Fernandes Filho (secretário); Vedasto José da Silva (tesoureiro); Raimundo Chaves, Luiz Curcio Marinho e Pedro Pereira da Costa (Conselho Fiscal); e Humberto Gomes Teixeira, Agnaldo Ferreira da Silva e Adauto José de Carvalho (suplentes).
Durante sua existência a Fecomercio RN teve os seguintes comerciantes como presidentes: Militão Chaves (1949 a 1951), Jessé Freire (1951 a 1955), Luiz de Barros (1955 a 1957), Jessé Freire (1957 a 1959), Antônio Fernandes Filho (1959 a 1963), Jessé Freire (1963 a 1965), Reginaldo Teófilo (1965 a 1995), João Patriota (1995 a 2001) e Marcantoni Gadelha de Souza (2001 a 2007).
